Wesley Wales Anderson Houston, Teksas’ta doğdu. Annesi Texas Ann (Burroughs), bir arkeologdan emlakçılığa geçmiştir ve babası Melver Leonard Anderson, reklamcılık ve halkla ilişkiler alanında çalışmıştır. Eric ve Mel adında iki erkek kardeşi var. Anderson’un ebeveynleri, o küçük bir çocukken boşandı; bu olayı, kardeşlerinin ve onun büyümesindeki en önemli olay olarak tanımladı. Anderson, çocukluk döneminde oyunlar yazmaya ve süper 8 filmler çekmeye de başladı. Westchester Lisesi’nde eğitim gördü ve ardından Houston, Teksas’ta özel bir hazırlık okulu olan St. John’s’ta eğitim gördü; bu okul daha sonra Rushmore (1998) filmine ilham kaynağı olacaktı.
Anderson, felsefe alanında uzmanlaştığı Austin’deki Texas Üniversitesi’ne gitti. Owen Wilson’la orada tanıştı. Arkadaş oldular ve bazıları yerel kablolu erişim istasyonunda yayınlanan kısa filmler çekmeye başladılar. Kısa filmlerinden biri Owen ve kardeşi Luke Wilson’ın başrollerini paylaştığı Bottle Rocket (1994) idi. Kısa film Sundance Film Festivali’nde gösterildi ve başarıyla karşılandı, öyle ki uzun metrajlı versiyonu yapmak için fon aldılar. Bottle Rocket (1996) ticari bir başarı elde etmedi ancak kült bir izleyici kitlesi ve aralarında Martin Scorsese’nin de bulunduğu yüksek profilli hayranlar kazandı.
Başarıyı Rushmore (1998), Steve Zissou ile The Life Aquatic (2004), The Royal Tenenbaums (2001) ve animasyon filmi Fantastic Mr. Fox (2009) gibi filmlerle takip etti. Son iki film Anderson’a Oscar adaylığı kazandırdı.